W gminie Wielka Nieszawka można spotkać wiele gatunków roślin i zwierząt, których część należy do gatunków rzadko występujących w innych częściach Polski.
Ponad 50% gminy porastają lasy, zaś jej powierzchnia w 87% zawiera tzw. tereny zielone, co sprawia, że panuje tu wyjątkowy mikroklimat, rzadko spotykany w innych częściach kraju.
Kotlina Toruńska to pozostałość zlodowacenia bałtyckiego, o którym przypomina największe skupisko wydm śródlądowych w Polsce.
Rosną tu takie rzadkie rodzaje roślin, jak: wiśnia karłowata, sasanka łąkowa, czy goździk piaskowy. Do szczególnie chronionych gatunków flory należy m.in. czartwa pospolita, gajowiec żółty, zdrojówka rutewkowa, łuskiewnik różowy. Bujną roślinność spotkać można także wokół doliny Strugi Zielonej, której tereny słyną z żyzności oraz odpowiedniej wilgotności. W wodzie żyje salwina pływająca.
Dolina Wisły jest miejscem, w którym występują zarośla wierzbowe oraz starorzecza, zaś jej tereny łąkowe zamieszkują chronione gatunki zwierząt, zwłaszcza ptaków, spośród których można to spotkać m.in. rybitwy i sieweczki, a sprytne oko uchwyci nawet bociana czarnego. Tereny Doliny to bezpieczna przystań nie tylko dla różnych rodzajów ptaków i ssaków, ale niekiedy także dla bałtyckich fok.
Dzięki różnorodności terenu oraz gatunków roślin i zwierząt, znaczny obszar gminy należy do krajobrazu chronionego, którego walory doceniane są zarówno przez mieszkańców, jak i polskich oraz zagranicznych turystów.
Co ważne - na terenie gminy prowadzone są prace, które mają na celu rozrost obszarów leśnych.